ZOOM Lite

Përshkrim

ZOOM Lite është një softuer për hartëzimin dhe vizualizimin e të dhënave të sekuencave të gjeneratës tjetër. Përdoruesit hyjnë në gjenome referencë dhe Illumina/Solexa lexon skedarë ose hapësira me ngjyra AB SOLiD lexon skedarë në formate të ndryshme, të tilla si *. Fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etj. ZOOM nxjerr rezultatet e hartës së këtyre të shkurtrave lexon në sekuencën e referencës. ZOOM Lite ka një bërthamë të shpejtë dhe të saktë të hartëzimit bazuar në një teori të farërave me hapësirë ​​të shumëfishtë. Mund të trajtohen lexime në fund të njëfishtë dhe në fund të çiftuar me gjatësi të ndryshme nga 15bp në 240bp. Lejohet çdo numër i mospërputhjeve dhe një futje/fshirje e gjatësive të ndryshme midis leximit dhe rajonit të tij të synuar në sekuencën e referencës. Rezultatet e hartuara në mënyrë unike ose rezultatet më të mira (më të lartat N) për secilën lexim do të raportohen në përputhje me mospërputhjet minimale dhe gjatësinë e indelit. Rezultatet e cilësisë përdoren për të rritur saktësinë e hartës. Bazuar në kernelin e hartës, ZOOM Lite lejon përdoruesit të ngarkojnë të dhëna lokale të leximit dhe të dhëna të sekuencës së referencës, të zgjedhin parametrat e duhur, të përpunojnë të dhëna me vëllim të lartë paralelisht deri në katër CPU, të monitorojnë detyrat e ekzekutimit, të ruajnë rezultatet e hartës, të shohin grafikët e rezultatet e hartave dhe rezultatet e hartave të rezultateve në formatet e skedarit * .BED ose * .GFF për studim të mëtejshëm me informacionin e gjurmës së shfletuesit UCSC. Rezultatet e hartëzimit mund të shihen në çdo shkallë të dëshiruar, nga grafiku i thellësisë së leximit mbi një kromozom të tërë deri te rreshtimet e detajuara të sekuencës midis leximeve dhe sekuencës referuese. Përdoruesit lehtë drejtohen në rajone me interes thjesht përmes klikimit dhe tërheqjes ose lëvizjes. ZOOM Lite është një derivat i softuerit ZOOM Studio.