RAPTOR

Përshkrim

RAPTOR është një program inovativ i krijuar për parashikim të saktë të strukturës së proteinave. Ai kombinon mjete të përparuara të analizës në një zgjidhje të integruar softuerike dhe ofron tre metoda të ndryshme ndërprerjeje. Qasja unike e optimizimit të programimit të plotë të RAPTOR është më efektive për gjetjen e shablloneve të strukturës së synimeve me homologji të sekuencës së ulët dhe është në gjendje të gjenerojë modele me cilësi të lartë. Ndërfaqja e lehtë për t’u përdorur dhe vlerat E të kuptueshme lehtë janë ideale për fillestarët dhe ekspertët. Mbi të gjitha, shfaqja intuitive e prodhimit u mundëson përdoruesve të kuptojnë rezultatet thjesht me një shikim. Duke pasur parasysh një sekuencë të proteinave të synuar, nëse ekziston një proteinë homologe me strukturë të njohur 3D, ajo mund të gjendet duke përdorur mjete të kërkimit të sekuencave si PSI-BLAST, të dhëna gjithashtu në RAPTOR. Struktura e synimit ndërtohet më pas nga struktura e njohur; megjithatë, kur homologjia e sekuencës nuk është e rëndësishme, d.m.th. më pak se 25%, PSI-BLAST nuk mund të dalë me një hit të sigurt. Ndryshe nga PSI-BLAST, i cili thjesht bën një kërkim të sekuencës, ndërprerja e proteinave, njohja e palosjes, bën përdorimin e informacionit të homologjisë dhe strukturës. Skanon sekuencën e proteinave me një strukturë të panjohur kundrejt një baze të dhënash të strukturave të njohura. Duke përdorur një funksion të pikëzimit dhe kryerjen e analizës së përputhshmërisë midis strukturave tre-dimensionale dhe sekuencave lineare të proteinave, do të identifikohet modeli më i mirë strukturor nga i cili do të ndërtohet struktura e sekuencës. Si rezultat, ndërprerja e proteinave jep një parashikim superior se modelimi i homologjisë kur ekziston homologji e sekuencës margjinale.