QuasiRecomb

Përshkrim

QuasiRecomb është një aplikacion i lehtë që funksionon në komandën e komandës, duke simuluar një model Markov për gjenerimin e Quasispecies virale. Ai përshkruan gjenerimin e kuazispecieve virale dhe një metodë për të konkluduar parametrat e tij duke analizuar të dhënat e sekuencës së gjeneratës së ardhshme. Modeli është vërtetuar në të dhëna të simuluara, duke treguar avantazhin e marrjes së qartë të procesit të rikombinimit në konsideratë dhe testohet duke aplikuar në leximet e marra nga mostrat eksperimentale të HIV-it. Ai ofron një zbatim të algoritmit EM për të gjetur vlerësimet maksimale a posteriori të parametrave të modelit dhe një metodë për të vlerësuar shpërndarjen e shtameve virale në quasispecies.