FlexS

Përshkrim

FlexS parashikon konformimin dhe orientimin e njërit prej ligandëve në lidhje me tjetrin. Në FlexS ligandi referencë supozohet të jetë i ngurtë, kështu që duhet të jepet në një konformacion që është i ngjashëm me gjendjen e lidhur. Algoritmi i mbivendosjes në FlexS kërkon vetëm pak ndërhyrje manuale. Ju mund ta integroni këtë njohuri në llogaritjet me FlexS duke kryer hapa të vetëm me dorë. Kështu, FlexS është projektuar për punë ndërvepruese në çiftet e ligandëve, si dhe për shqyrtimin virtual të bazuar në ligand. Dy aplikimet kryesore të FlexS janë super pozicionimi i ligandit (p.sh. për CoMFA/QSAR) dhe kontrolli virtual. Nëse keni një proteinë dhe një molekulë të vogël që lidhet me të (i ashtuquajturi ligand referencë), por nuk keni strukturë të proteinës, mund ta merrni strukturën e referencës si një gjurmë gishti negative të zonës aktive. FlexS përcakton ngjashmërinë midis testit dhe strukturës së referencës duke i lidhur ato. Në ekzaminimin virtual, ju keni një ligand-referencë dhe një grup përbërjesh dhe jeni të interesuar të prioritizoni përbërjet për testim eksperimental.